Sau chiến thắng trước lực lượng Taliban, ông đã trở mặt tranh giành quyền lực với chính phủ ở Kabul và các lực lượng cát cứ khác. Vào năm 2001, sau khi chiến tranh kết thúc, các phe phái thoả hiệp để thành lập chính phủ lâm thời, Dostum đã phản đối mạnh mẽ và tuyên bố tẩy chay chính quyền lâm thời. Lý do là nhóm của ông không được đối xử công bằng khi ông yêu cầu để người của mình nắm giữ Bộ Ngoại giao, một trong những vị trí do Liên minh phương Bắc kiểm soát. Nhưng chỉ nhận được Bộ Nông nghiệp và Khai thác mỏ. Vì thế ông tuyên bố sẽ không cho phép các quan chức trong chính phủ mới đến khu vực phía bắc, nơi có nguồn tài nguyên dầu khí của Afghanistan.

Vào năm 2002, ông đã cho quân vào chiếm cứ phần lãnh thổ dưới quyền quản lý của sứ quân Mohammed Fahim hiện đang là Bộ trưởng Bộ Quốc phòng, người từng kề vai với ông trong cuộc chiến chống Taliban. Giao tranh xảy ra quyết liệt. Theo hãng thông tấn Hồi giáo Afghanistan đưa tin cả hai bên đều chịu tổn thất, với tổng cộng khoảng 20 người thiệt mạng. Đỉnh điểm là cuộc đụng độ vào ngày 08 tháng 10 năm 2003 trong khu vực quanh thành phố Fayzabad (cách Mazar-e-Sharif 60 km về phía tây) giữa các chiến binh trung thành của ông với các tay súng ủng hộ Ustad Mohammad Atta. Kết quả cuộc giao tranh là 50 người thuộc phe Atta chết và bị thương. Phía Dostum thông báo chỉ mất ba người vệ sĩ trong đó có một chỉ huy là Mohammad Andh Khooei. Cuộc tranh chấp này buộc Liên Hiệp Quốc phải can thiệp để lực lượng của hai bên phải giao nộp vũ khí, giải trừ quân bị.[13]

Tiếp đến vào năm 2004, ông lại có một cuộc xung đột đẫm máu với Tỉnh trưởng tỉnh Faryab là Anayatullah vốn là người thân chính quyền trung ương. Vì tỉnh Faryab vốn là một cứ điểm quan trọng của ông trong những năm chiến tranh nên ông quyết tâm chiếm bằng được tỉnh này. Ông đã xua khoảng 2.000 đến 3.000 binh sĩ tràn vào Faryab từ các tỉnh lân cận. Các tay súng này đi trên 200 chiếc xe và khoảng 400 con ngựa. Quân của ông đã chiếm được ba quận của thành phố.[14] Tỉnh trưởng Faryab là Anayatullah đã yêu cầu Bộ Quốc phòng "đưa binh sĩ trong lực lượng quân đội mới tới ngăn chặn cuộc giết chóc". Cơ quan quốc phòng Afghanistan cũng đã có cuộc gặp gỡ với quân đội Mỹ để thu xếp một cuộc vận chuyển quân bằng đường không.

Cũng trong cuộc bầu cử Afghanistan năm 2004, Dostum cũng tham gia tranh cử ghế tổng thống nhưng chỉ về vị trí thứ ba với 4,3% phiếu ủng hộ. Vào năm 2006, lực lượng của ông cũng đã có cuộc đụng độ với phái ủng hộ thủ lĩnh Abdul Malik ở quận Pashtun Kot, tỉnh Faryab, tây bắc Afghanistan. Cuộc đụng độ có sự tham gia của 400 chiến binh của hai bên. Kết quả làm 4 người thiệt mạng có ít nhất một thường dân, hàng trăm người khác phải đi sơ tán vì các cuộc giao tranh.[15][16]

Năm 2007, các lực lượng ủng hộ ông đã thực hiện một cuộc biểu tình có vũ trang với hơn một nghìn người đã tham gia để phản đối ông Juma Khan Hamdard, thị trưởng tỉnh Jowzjan (miền bắc Afghanistan). Họ đã ném đá vào một số văn phòng tại Shiberghan, thủ phủ của tỉnh này. Cảnh sát đã lập tức được phái đến và đụng độ đã xảy ra làm 13 người chết và 35 người bị thương.[17] Vào năm 2008, Dostum bị tố cáo giết hại tù binh Taliban và bị các lực lượng đối lập công kích, ông phải có thời gian lưu vong sang Thổ Nhĩ Kỳ[18] và đến năm 2009, trong cuộc bầu cử Tổng thống ở Afganistan, ông đã được tổng thống đương nhiệm là Karzai mời về tham chính.

Cùng với sứ quân Fahim và Tổng thống Karzai hình thành nên liên minh Karzai - Fahim - Dostum chính là nòng cốt của "liên minh phương bắc" trước đó, khi phe Taliban chưa giành được chính quyền ở Afghanistan. Và nay chính là "liên minh phương bắc" mới. Lực lượng này có tác động mạnh mẽ lên các cuộc bầu cử tổng thống.[19] Trong cuộc bầu cử Tổng thống năm 2010, ông đã vận động cho Karzai để ông này trúng cử nhưng đổi lại ông này đã bác bỏ đến ba thành viên thuộc phe của Dostum khi đệ trình danh sách Chính phủ mới.[20]